Компания была основана шотландцем Джоном Уокером (1805—1857), которого часто звали Джонни, отсюда и название марки. Отец Джона умер рано, оставив жене и сыну бакалейную лавку в городке Килмарнок. Юный Джон успешно купажировал чай, его смеси пользовались популярностью.
    В 1856 году в бизнес пришел сын Джона, Александр. Он убедил отца, что существует жизнь вне чая, кофе, спичек и ветчины, продающихся в лавке, и начал экспериментировать с купажированием односолодовых виски. Джонни Уокер умер в 1857 году. Александр Уокер получил в наследство процветающий бакалейный магазин.
   В 1867 году он создал свой купажированный виски Old Highland, который быстро завоевал популярность. После смерти Александра фирма перешла в руки его сыновей — Джорджа Паттерсона Уокера и Александра Уокера. Именно они приобрели в 1893 году первую вискокурню для «Джонни Уокера» — ферму Карду (Cardhu). Эта покупка стала началом мощного подъема семейного предприятия Уокеров, и благодаря ей купажирование виски «Джонни Уокер» поднялось на новый качественный уровень. 
   В 1909 году фирма решила заменить свои две основные марки — «Джонни Уокер Вери Спешиал Оулд Хайлэнд Виски» и «Экстра Спешиал Оулд Хайлэнд Виски». В результате появились виски «Джонни Уокер Ред Лейбл» и «Джонни Уокер Блэк Лейбл».
   Красная и черная этикетки быстро завоевали популярность: к 1920 году Johnnie Walker уже продавался в 120 странах мира.